Od vzniku samostatných Českých drah uplynulo 30 let

Bývalé Československé státní dráhy se staly po skončení první světové války, počínaje rokem 1918, nástupnickou organizací řady tratí bývalých rakouských c. k. Státních drah (kkStB) a Maďarských státních drah (MÁV), které se nacházely na území nově ustanoveného společného státu Čechů a Slováků. Kromě ČSD však stále na nově vzniklém území ještě delší dobu existovaly privátní železniční společnosti jako například Ústecko-teplická dráha (ÚTD) nebo Buštěhradská dráha. Na základě Mnichovské dohody, podepsané v září 1938, musely Československé státní dráhy opustit zabraná sudetská území a přemístit vozidlový park a technické vybavení do okleštěného vnitrozemí. 
Další milník nastal v polovině března 1939, kdy byla zbývající česká část obsazena německými vojsky a vznikl Protektorát Čechy a Morava. Slovensko se oddělilo a vznikl samostatný stát, a tak se musely logicky oddělit i železnice. Na českém území vznikla společnost protektorátních drah BMB-ČMD a na Slovensku Slovenské železnice (SŽ), které byly podřízeny Říšským německým drahám (DR). 
Po konci druhé světové války v roce 1945 se opět obě železnice sloučily, a to pod značku ČSD. Obnovit se podařilo původní společný stát, byť již bez Podkarpatské Rusi, která byla postoupena, včetně železnic, bývalému Sovětskému svazu. Dnes je součástí Ukrajiny.

Zánik federace
Česká a Slovenská Federativní republika (ČSFR), jak se společný stát nazýval po sametové revoluci od roku 1990, zanikla přesně o půlnoci na silvestra roku 1992. Patrně více se slavilo na slovenské straně, na českém území většinou panovaly rozpaky nad novou situací. Již během roku 1992 začala jednání o rozdělení společného státního majetku. Stvrzení „rozvodu“ Česka a Slovenska z 26. srpna 1992 nastartovalo přípravné kolo dělení, byť ústavní zákon o dělení majetku ČSFR byl oficiálně vydán až 13. listopadu téhož roku. 
V souvislosti s dělením v prosinci 1992 tehdejší Federální shromáždění přijalo zákon o zániku organizace Československé státní dráhy, který jasně určil, že do majetku České, respektive Slovenské republiky přejdou veškeré nemovité záležitosti do nových správ na území, kde leží. Ostatní majetek byl dohodou rozdělen v poměru 2:1, tedy větší díl Česku, menší Slovensku. Měřítkem byl počet obyvatel – v té době deset milionů Čechů, Moravanů a Slezanů oproti pěti milionům Slováků. Dnes se nedá s určitostí říci, zda celé dělení bylo úplně spravedlivé a zda se při něm nestaly chyby, ale doba byla tak turbulentní, že se vše připravovalo a uskutečňovalo doslova za pochodu. Nové státy – Česká a samozřejmě také Slovenská republika si pak převedený majetek začlenily do svých národních železničních dopravních podniků, tedy do Českých drah a tehdejších Železnic Slovenskej Republiky (ŽSR).

Rok 1993 rokem „nula“
Leden roku 1993 byl pro zaměstnance obou nástupnických organizací dost náročný. Najednou se musely používat nové hlavičky na papírech, bylo zapotřebí nově označit nádraží, depa či stovky dalších hospodářských budov. Samostatnou kapitolou se stal vozidlový park. Původně měly ČSD k dispozici více než pět tisíc osm set hnacích vozidel, tedy lokomotiv, jednotek a motorových vozů, přes devět tisíc vozů pro osobní dopravu a sto dvanáct tisíc nákladních vozů. Na české straně z tohoto počtu zůstalo asi osmdesát tisíc vozidel, která se musela zaevidovat, vytvořit nová označení a bez prodlení je stále provozovat. Pamětníci si určitě vzpomenou, že pro urychlení a zjednodušení se na odlévaných cedulích s nápisem ČSD vybrušovalo prostřední písmeno „S“, což sice splnilo účel, ale estetika poněkud pokulhávala. Na tu se však v té době moc nedbalo, spíše se hledala rychlá a praktická řešení, jak se s novou situací co nejlépe poprat. Vše se podařilo zvládnout poměrně slušně díky stovkám oddaných zaměstnanců, kteří mnohdy pracovali nad rámec svých povinností. Nikdo se s takovou situací ještě nesetkal, takže všechno se řešilo doslova ze dne na den.  
Jak na české, tak i na slovenské straně se v devadesátých letech většina politické reprezentace chovala k železnicím docela macešsky. Hlavně do rozpadu federace se o dráhu prakticky nikdo nezajímal. Nebyla jasná dopravní koncepce a ani to, kam se bude železniční doprava ubírat. Navíc se snižovala poptávka po osobní kolejové dopravě, což především na Slovensku nahrálo k přerušení provozu na celé řadě tratí. Silně se začalo uvažovat o zásadních redukcích i na české straně a poslední kapkou bylo rozdělení ČD na několik divizí. To vyvrcholilo v únoru 1997 několikadenní stávkou zaměstnanců na Českých drahách, kdy vlaky opravdu zůstaly stát. Jednalo se o věc zcela nevídanou. Na Slovensku k podobné stávce došlo až šest let později.

Problémem obnova vozidel
Na české straně se po rozdělení napjaly postupně síly k modernizaci části železniční infrastruktury, respektive k vybudování primárně prvního a druhého železničního tranzitního koridoru. Regionální tratě zůstávaly prozatím stranou, byť na většině z nich byla infrastruktura v poměrně špatném stavu. V roce 1993 se tedy začalo v rámci Českých drah s postupným budováním prvního tranzitního koridoru z Děčína přes Prahu, Českou Třebovou a Brno do Břeclavi. Některé úseky byly naplánovány na rychlost 160 km/h, ale bohužel s řadou dodnes fungujících úrovňových silničních přejezdů, což už je naštěstí minulostí. Před takřka třiceti lety se ovšem uvažovalo v trochu odlišných dimenzích. Naopak Slovensko se pustilo do modernizace vozového parku osobní dopravy, ale zase jen do osobních vozů. Hnací vozidla zůstala zatím stranou. Své koridory Slováci začali budovat mnohem později a dnes je vybudován vlastně jen úsek Bratislava – Považská Bystrica a menší kus v okolí Čadce. Na další pokračování těchto staveb si naši východní sousedé budou muset ještě dlouho počkat.
České dráhy se dlouhá léta potýkaly s nevyhovujícím vozidlovým parkem. Chyběly finance na nákup nových vagonů a jednotek, a tak se řada vozů a hnacích vozidel začala modernizovat různým způsobem, tu vydařenějším, jinde méně zdařilým. V expresní vozbě zmizely z portfolia ČD ceněné dvousystémové stroje řady 350, přezdívané Gorila, které byly v rámci dělení kompletně předány slovenským železnicím. V rámci dislokací šlo poměrně o ojedinělý úkaz, kdy byla celá jedna lokomotivní řada předána cizí železniční správě. Gorily se však na českých kolejích stále objevovaly díky vozbě na rameni Budapešť – Bratislava – Praha. V malé míře se tyto stroje v Česku vyskytnou ještě dnes. 
ČD začaly s většími modernizacemi až po roce 2000, kdy například vznikaly z malých motorových vozů řady 810 známé dvou- či trojdílné RegioNovy s částečně nízkopodlažním prostorem. Byly také upravovány elektrické a motorové lokomotivy a v neposlední řadě došlo i k významným modernizacím například Brejlovců řady 750 na lokomotivní řadu 750.7, respektive elektrických strojů řady 363, zvané Eso, která byla v počtu třiceti kusů pro potřeby ČD Cargo modernizována na řadu 363.5. 

Oddělení živé cesty
Dalším důležitým milníkem v chodu české železnice se stal rok 2003, kdy od 1. ledna byla od státní organizace České dráhy odčleněna takzvaná živá dopravní cesta, pro kterou vznikla Správa železniční dopravní cesty (od roku 2020 jen Správa železnic), a souběžně akciová společnost České dráhy, která se stala národním dopravcem. Neméně důležitým bodem v chodu Českých drah bylo ještě vyčlenění nákladní dopravy do dceřiné společnosti ČD Cargo v roce 2007. Pro českou, potažmo slovenskou železnici byl velmi důležitý vstup obou států do Evropské unie, kdy se začala prosazovat stále více evropská legislativa. Nejpodstatnější ale je, že vlády obou zemí bývalého společného státu uznaly železniční dopravu jako základní dopravní systém veřejné dopravy, který je nenahraditelný a má nezaměnitelné místo v chodu celé společnosti.